Spółka, o pierwotnej nazwie „Agencje Celne PKP CARGO sp. z o.o.” z siedzibą  w Warszawie, została powołana Uchwałą nr 164 Zarządu PKP CARGO S.A. z dnia 26 lutego 2002 r. Pod obecną nazwą „PKP CARGO SERVICE sp. z o.o.”, (przyjętą Uchwałą Nr 40/2004 Zarządu PKP CARGO S.A. z dnia 10 listopada 2004 r.) Spółka występuje od dnia 16 marca 2005 r.

PKP CARGO SERVICE sp. z o.o. jest profesjonalną firmą wchodzącą w skład Grupy PKP CARGO Logistics. Do 2012 r. Spółka prowadziła  sieć agencji celnych i świadczyła usługi graniczne  oraz specjalizowała się w logistyce kruszyw. Obecnie, zgodnie z Aktem założycielskim, realizuje usługi w zakresie kompleksowej obsługi bocznic kolejowych jak również, na podstawie posiadanych  licencji, przewozy kolejowe rzeczy oraz usługi trakcyjne.

Działalność usługowa wspomagająca transport lądowy obejmuje swoim zakresem głównie wykonawstwo usług manewrowych na obszarze bocznic. Stosownie do wydanych przez organy korporacyjne decyzji właścicielskich PKP CARGO SERVICE sp. z o.o., zainicjowana w drugiej połowie roku 2009 działalność w tym obszarze usług, w roku 2010 została ukierunkowana na aktywne uczestnictwo Spółki w postępowaniach przetargowych na kompleksową obsługę bocznic kolejowych. Dokonane zostały niezbędne zmian w zakresie dostosowania kompetencji organów Spółki do zaciągania zobowiązań wynikających z potrzeb zawieranych umów wykonawczych. Wieloletnie  doświadczenie i solidna praca zaowocowały długoletnimi kontraktami.

Od 2012 r. Spółka realizuje przewozy węgla przeznaczonego do przeróbki lub wzbogacania, a także: piasku podsadzkowego  dla kopalń węgla  kamiennego, odpadów poprodukcyjnych i innych. 

Połączenie potencjału Grupy i wysoko wykwalifikowanej kadry specjalistów pozwoliło stworzyć firmę, która oferuje kompleksowy pakiet usług, dostosowanych do indywidualnych potrzeb odbiorców oraz zapewnia optymalizację kosztów i dbałość o czas realizacji usługi.